تأسست جمعية القلم الخيرية عام 1993م من ثلة من الدعاة والمعلمين ورموز المجتمع الخيرين بعد مناقشة قضايا الدعوة والتعليم في شرق السودان وأتفق المجتمعون على إنشاء مؤسسة متخصصة في الدعوة والتعليم الإسلامي القائم على منهج أ هل السنة والجماعة ونشر العقيدة الصحيحة وتبصير الناس بأمور دينهم ومناهضة الفرق الهدامة المعادية للإسلام والمسلمين والتي تستغل ظروف الضعفاء والفقراء من اللاجئين والنازحين.
بدأت الجمعية العمل من خلال المساجد والمؤسسات الإسلامية والمدارس القرآنية ولأنشطة الخيرية الأخرى تم تسجيلها عام 1996م في ولاية القضارف كمنظمة طوعية خيرية في وزارة الشئون الاجتماعية ومفوضية العمل الطوعي ، كما تم تسجيلها في وزارة الشئون ألإنسانية في الخرطوم لتعمل في جميع السودان ولها عضوية في منظمات إقليمه ودولية.